COBI-GRINE：用于质谱通道相似性图中群落可视化与高级评估的工具
统计计算
2020-09-25 v1 定量方法
摘要
检测与组织病理学模式或亚结构共定位的分子群组，是将质谱成像（MSI）丰富的高维内容与经典组织病理学染色相结合的重要步骤。在此我们呈现GRINE演进为COBI-GRINE的过程，这是一个交互式网络工具，将MSI数据映射到图结构上以检测横向相似分布分子的群落，并将这些群落与苏木精-伊红（HE）染色图像协同可视化。由此，该工具使生物学家和病理学家能够以目标导向的方式检视MSI图像图，并将分子共定位与病理学相联系。另一特征是在图统计辅助下对聚类结果进行手动优化，以改善群落结果。由于图可能变得非常复杂，这些统计提供了良好的启发式方法来支持并加速子簇与错误聚类的检测。此类经编辑的聚类优化允许将专家背景知识整合进聚类结果，并对分子共定位与病理学之间的联系进行更精确的分析。
引用
@article{arxiv.2009.11581,
title = {COBI-GRINE: A Tool for Visualization and Advanced Evaluation of Communities in Mass Channel Similarity Graphs},
author = {Karsten Wüllems and Daniel Göbel and Annika Zurowietz and Hanna Bednarz and Karsten Niehaus and Tim W. Nattkemper},
journal= {arXiv preprint arXiv:2009.11581},
year = {2020}
}