基于体外基因表达谱相关性的化学物分类
应用统计
2023-02-06 v1 最优化与控制
摘要
化学物的毒性评价传统上依赖动物实验；然而，全球对基于非动物的化合物毒理学预测方法的需求正在增加。我们的目标是基于体外基因表达谱提供一种化合物分类方法。本研究中分析的体外基因表达数据来自我们先前的研究。数据涉及化学管理中通常使用的九种化合物。我们使用凝聚层次聚类对化合物进行分类；然而，存在一个需克服的统计困难。我们需要从超过30,000个RNA中恰当提取用于聚类的RNA。为克服此困难，我们引入了一个关于基因表达水平与基因表达谱之间相关性的组合优化问题。随后，使用模拟退火算法获得该问题的良好解。结果，使用提取的1,000个RNA将九种化合物分为两组。我们提出的方法论使得基于体外基因表达谱的读跨（read-across，毒理学预测框架之一）成为可能。
引用
@article{arxiv.2101.01837,
title = {Classification of chemical compounds based on the correlation between \textit{in vitro} gene expression profiles},
author = {Jun-ichi Takeshita and Akinobu Toyoda and Hidenori Tani and Yasunori Endo and Sadaaki Miyamoto},
journal= {arXiv preprint arXiv:2101.01837},
year = {2023}
}
备注
13pages, 7 figures