生物量高粱中基因型×表型互作的分类与可视化
定量方法
2021-08-10 v1 机器学习
摘要
我们提出了一种理解单核苷酸多态性(SNPs)或相关SNP组与其所控制表型之间关系的简单方法。该流程包括训练深度卷积神经网络(CNNs)以区分具有不同SNP参考版本与替代版本的植物图像,然后使用可视化方法突出分类网络所关注的区域。我们展示了深度CNN执行该分类任务的能力,并说明了这些可视化在TERRA-REF龙门架捕获的生物量高粱RGB图像上的效用。我们聚焦于几个具有已知表型表达的遗传标记,并讨论了利用该方法揭示基因型×表型关系的可能性。
引用
@article{arxiv.2108.04090,
title = {Classification and Visualization of Genotype x Phenotype Interactions in Biomass Sorghum},
author = {Abby Stylianou and Robert Pless and Nadia Shakoor and Todd Mockler},
journal= {arXiv preprint arXiv:2108.04090},
year = {2021}
}
备注
ICCV 2021 Workshop on Computer Vision Problems in Plant Phenotyping and Agriculture (CVPPA)