细胞决策偏差:细胞功能多样性中缺失的要素
定量方法
2013-11-05 v2
摘要
细胞功能多样性是生物过程展开的重要决定因素。大多数关于多样性的描述涉及对序列或表达差异的搜索。也许还有更微妙的机制在起作用。使用信息处理和决策的隐喻可能为这些微妙之处提供更清晰的视角。将适应性和转化过程(如细胞重编程)理解为一系列简单的决策,使我们能够使用一种称为细胞信号检测理论(cellular SDT)的技术来检测机制中 favor 一种结果而非另一种结果的潜在偏差。我们可以将检测细胞重编程偏差的方法应用于细胞重编程和其他复杂的分子过程。为了展示该方法的范围,我们将批判性地检查重编程为肌纤维表型和神经元表型的细胞表型之间的差异。在表型偏差特征隐秘的情况下,基因组偏差特征(预先存在和诱导的)可提供替代方案。我们将利用一系列成纤维细胞系在细胞重编程前(预先存在)的数据以及药物处理后单个基因的细胞 RNA 组分之间的差异(诱导的)来探索对这些替代方案的检查。最后,将讨论该方法及相关类比的有用性和局限性。
引用
@article{arxiv.1310.8268,
title = {Cellular decision-making bias: the missing ingredient in cell functional diversity},
author = {Bradly Alicea},
journal= {arXiv preprint arXiv:1310.8268},
year = {2013}
}
备注
18 pages; 6 figures, 2 tables, 4 supplemental figures