BpForms 与 BcForms：用于具体描述非规范聚合物与复合物以促进全面生化网络的工具
生物大分子
2021-06-04 v2
摘要
尽管非规范残基、末端帽、交联和切口在许多 DNA、RNA、蛋白质及复合物的功能中发挥重要作用，我们仍未完全理解非规范生物大分子网络如何产生行为。其中一个障碍是我们用于抽象描述生物大分子的格式（如 IUPAC）有限。为克服这一障碍，我们开发了 BpForms 和 BcForms，这是一套由本体、语法和软件组成的工具包，用于将聚合物和复合物的一级结构抽象为残基、末端帽、交联和切口的组合。该工具包可帮助将关于生物大分子一级结构的信息进行质量控制、交换与整合，并将其纳入精细的胞内生化全局网络中。
引用
@article{arxiv.1903.10042,
title = {BpForms and BcForms: Tools for concretely describing non-canonical polymers and complexes to facilitate comprehensive biochemical networks},
author = {Paul F. Lang and Yassmine Chebaro and Xiaoyue Zheng and John A. P. Sekar and Bilal Shaikh and Darren A. Natale and Jonathan R. Karr},
journal= {arXiv preprint arXiv:1903.10042},
year = {2021}
}
备注
21 pages, 4 figures, 2 boxes