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BioSimplify: 一个开源句子简化引擎,用于提高自动生物医学信息提取的召回率

计算与语言 2011-07-29 v1

摘要

BioSimplify是一个用Java编写的开源工具,它引入并促进了一种新颖的句子简化模型的使用,该模型针对自动话语分析和信息提取进行了调整(与为提高人类可读性而进行的句子简化不同)。该模型基于一种“散弹枪”方法,通过组合其组成元素的变体来生成原始句子的许多不同(更简单)版本。该工具针对处理生物医学科学文献(如PubMed中索引的摘要)进行了优化。我们测试了该工具对蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)提取任务的影响,它将PPI工具的F值提高了约7%,召回率提高了约20%。BioSimplify工具和测试语料库可从https://biosimplify.sourceforge.net下载。

关键词

引用

@article{arxiv.1107.5744,
  title  = {BioSimplify: an open source sentence simplification engine to improve recall in automatic biomedical information extraction},
  author = {Siddhartha Jonnalagadda and Graciela Gonzalez},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1107.5744},
  year   = {2011}
}