无反馈下的基因表达双模态:从高斯白噪声到对数正态有色噪声
生物物理
2020-11-10 v3 分子网络
摘要
外噪声诱导向双模态动力学的转变已在多种化学、物理和生物学系统中被广泛研究。在物理与化学系统中的标准方法里,使这些系统在数学上可处理的关键性质是:噪声在动力学方程中线性出现,且被假设为高斯和白色的。在生物学中,高斯近似在特定系统中是成功的,但相关噪声通常是非高斯、非白色且非线性的,这对其普遍适用性造成了严重限制。在此我们重新审视线性高斯噪声的基本特性,指出其局限性,并综述基于非线性有界噪声的近期新方法,这些方法揭示了解释向双模态行为转变的新机制。为此我们考虑一个简单但基础的基因表达模型,即阻遏基因,其特征是依赖于外部参数的线性和非线性关系。我们随后综述最近引入的一种通用方法,即所谓非线性噪声滤波,它允许研究线性、非线性、高斯和非高斯噪声。我们还给出其推导,以阐明其动力学起源。在阻遏基因上测试该方法证实,噪声诱导转变的出现似乎强烈依赖于所采用噪声的类型,以及系统中存在的非线性程度。
引用
@article{arxiv.1909.03308,
title = {Bimodality in gene expression without feedback: From Gaussian white noise to log-normal coloured noise},
author = {Gerardo Aquino and Andrea Rocco},
journal= {arXiv preprint arXiv:1909.03308},
year = {2020}
}
备注
Review paper, 17 pages, 8 figures