针对坡面自由能景观的偏向性蒙特卡罗抽样
统计力学
2009-11-10 v2 软凝聚态物质
q-bio
摘要
我们对小分子肽(即小型蛋白质)的全原子模型进行蒙特卡罗模拟。受Bryngelson和Wolyness的漏斗图景启发，定义了二面角更新概率的变换，该变换使用来自更高温度的概率密度，以提高在较低温度下的算法性能。该方法适用于标准以及广义集合模拟。我们在真空中对Met-Enkephalin在室温下测试了该变换的简单近似。积分自相关时间缩短了约为二分之一，类似的改进同样来自广义集合方法。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0306589,
title = {Biased Metropolis Sampling for Rugged Free Energy Landscapes},
author = {Bernd A. Berg},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0306589},
year = {2009}
}
备注
Plenary talk at the Los Alamos conference, The Monte Carlo Method in Physical Sciences: Celebrating the 50th Anniversary of the Metropolis Algorithm, to appear in the proceedings, 11 pages, 4 figures, one table. Inconsistencies corrected and references added