DisProt中固有无序蛋白人工审编的最佳实践
生物大分子
2023-10-26 v1
摘要
DisProt数据库是一个重要资源，包含从文献中实验验证的固有无序蛋白（IDPs）与无序区（IDRs）的人工审编数据。其开发于2005年，主要目标是将结构与功能信息收集至缺乏固定三维（3D）结构的蛋白质中。如今，DisProt已发展为主要存储库，不仅收集实验数据，还显著促进我们对IDPs/IDRs在各种生物过程（如自噬或病毒生命周期机制，或其参与疾病如癌症与神经发育障碍）中作用的理解。DisProt提供关于IDPs/IDRs结构状态的详细信息，包括状态转变、相互作用及其功能，均以审编注释形式给出。DisProt的核心活动之一是对文献中实验数据的精细审编。为此，为确保每位专家与志愿审编员具备数据评估、收集与整合的必要知识，提供了培训课程与审编材料。然而，生物审编指南一致认为制定稳健指南的重要性，其不仅提供关于数据一致性的关键信息，也确保数据获取。本指南旨在为生物审编员与外部用户提供在DisProt中人工审编IDPs与IDRs的最佳实践。其描述文献审编过程的每一步，并提供DisProt内IDP审编的用例。数据库URL：https://disprot.org/
引用
@article{arxiv.2310.16716,
title = {Best practices for the manual curation of Intrinsically Disordered Proteins in DisProt},
author = {Federica Quaglia and Anastasia Chasapi and Maria Victoria Nugnes and Maria Cristina Aspromonte and Emanuela Leonardi and Damiano Piovesan and Silvio C. E. Tosatto},
journal= {arXiv preprint arXiv:2310.16716},
year = {2023}
}