BATMAN：基于贝叶斯模型从 NMR 谱自动量化代谢物的 R 语言包
应用统计
2012-05-30 v2
摘要
动机：NMR 谱在代谢组学中被广泛用于获取复杂生物混合物中的代谢物谱图。用于分配和估计代谢物浓度的常用方法要么依赖专家手动峰拟合，要么需要额外的预处理步骤，如峰对齐和分箱。峰拟合非常耗时且易受人为误差影响。相反，对齐和分箱可能会引入伪影并限制对模型的直接生物学解释。结果：我们提出了用于 NMR 谱的贝叶斯自动代谢物分析器（BATMAN），这是一个 R 语言包，它能够对一维 NMR 谱中的峰进行解卷积，自动将其分配给目标列表中的特定代谢物，并获得浓度估计值。该贝叶斯模型结合了代谢物特征峰模式的信息，并能够解释生物样品 NMR 谱中常见的峰位置偏移。它应用马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）算法从模型参数的联合后验分布中进行采样，与传统数值积分相比，获得的浓度估计值误差更小，且与经验丰富的光谱学家手动解卷积的结果相当。可用性：http://www1.imperial.ac.uk/medicine/people/t.ebbels/ 联系方式：[email protected]
引用
@article{arxiv.1112.5794,
title = {BATMAN-an R package for the automated quantification of metabolites from NMR spectra using a Bayesian Model},
author = {Jie Hao and William Astle and Maria De Iorio and Timothy Ebbels},
journal= {arXiv preprint arXiv:1112.5794},
year = {2012}
}
备注
2 pages, 1 figure