共价配体抑制下人类蛋白酶体的原子尺度模拟
生物物理
2020-12-08 v1
摘要
蛋白酶体是负责蛋白质降解的大型生物分子复合物。由于其在于细胞稳态中的基础作用以及巨大的药物应用潜力，它正受到深入研究。近期 X 射线晶体学与冷冻电子显微镜的数据表明，抑制剂结合时会发生大尺度结构变化。我们对天然及被抑制的蛋白酶体进行了原子尺度分子动力学模拟，以理解抑制的分子细节。在此我们描述模拟的技术细节并评估所获轨迹的质量。蛋白酶体的生化方面仍在进一步研究中，将另文发表。本工作是 HLRS 的 GCS-Prot 项目的一部分，运行于 Cray XC40 超级计算系统。
引用
@article{arxiv.2012.03387,
title = {Atomistic simulations of the human proteasome inhibited by a covalent ligand},
author = {Michal H. Kolář and Lars V. Bock and Helmut Grubmüller},
journal= {arXiv preprint arXiv:2012.03387},
year = {2020}
}
备注
11 pages, 8 figures, to be published in High Performance Computing in Science & Engineering 2020