Atomic Simulation Recipes——用于自动化工作流的 Python 框架与库
材料科学
2021-04-29 v1
摘要
Atomic Simulation Recipes (ASR) 是一个开源 Python 框架,以高效且可持续的方式处理原子级材料模拟,非常适合于高通量项目。ASR 的核心是一个 Recipe 的概念:一个高级 Python 脚本,稳健且准确地执行定义明确的模拟任务,同时跟踪数据来源。ASR 利用 Atomic Simulation Environment (ASE) 的功能来对接外部模拟代码并达到高抽象层级。我们提供了一个用于常见模拟任务的 Recipe 库,采用密度泛函理论和多体微扰方案。这些 Recipe 利用 GPAW 电子结构代码,但可适配其他具有 ASE 接口的模拟代码。作为具有自动数据来源控制的独立对象,Recipe 可通过 Python 脚本自由组合,为用户构建高级工作流提供最大自由。ASR 还实现了命令行接口,可用于运行 Recipe 和检查结果。ASR Migration 模块帮助用户维护其数据,而 Database 和 App 模块使得创建本地数据库并将其呈现为定制网页成为可能。
引用
@article{arxiv.2104.13431,
title = {Atomic Simulation Recipes -- a Python framework and library for automated workflows},
author = {Morten Gjerding and Thorbjørn Skovhus and Asbjørn Rasmussen and Fabian Bertoldo and Ask Hjorth Larsen and Jens Jørgen Mortensen and Kristian Sommer Thygesen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2104.13431},
year = {2021}
}