使用新型模块化分子力学程序 EM3 进行氩模拟
计算物理
2019-08-05 v1
摘要
使用新开发的分子动力学程序 Easy Modular Molecular Mechanics (EM3) 进行了氩分子动力学模拟。该程序采用面向对象的方式开发，包含了一个功能完备的分子动力学程序各个关键部分的类。因此，本文提出了一个通用分子力学程序的组织方案，以及 EM3 程序的框架。凭借其模块化特性和开源可用性，EM3 可作为分子模拟初学者以及通过面向对象编程进行代码组织的学习工具。通过与不同密度和温度下液态氩的蒙特卡洛模拟进行比较，给出了代码的验证。还进行了液态氩自扩散系数的计算，展示了 EM3 的可扩展性。本报告附带了 EM3 源代码和示例，位于 https://github.com/rohskopf/em3。
引用
@article{arxiv.1908.00601,
title = {Argon Simulations with EM3, a New Modular Molecular Mechanics Program},
author = {Andrew Rohskopf},
journal= {arXiv preprint arXiv:1908.00601},
year = {2019}
}