MD-Bench：来自先进模拟软件的短程分子动力学核函数核心内性能工程
化学物理
2023-03-01 v1 性能
计算物理
摘要
分子动力学（MD）模拟为在原子水平上研究和实验系统提供了显著优势。其使用广泛分布于多个研究领域，但其系统尺寸和时间尺度也受到所能利用计算能力的严重限制。因此，MD 核函数的性能工程对于理解其瓶颈并指出可能的改进十分重要。出于该原因，我们开发了 MD-Bench，一个实现来自多个生产级应用（如 LAMMPS 和 GROMACS）的先进算法的短程 MD 核函数代理应用。MD-Bench 旨在具有更简洁、易懂且可扩展的源代码，并且透明，适用于教学、基准测试和研究 MD 算法。在本文中我们介绍 MD-Bench，描述其设计与结构以及所实现的算法。最后，我们展示了 MD-Bench 的五个使用示例，并说明这些示例如何有助于从性能角度深入理解 MD 核函数，同时揭示了一些有趣的性能见解。
引用
@article{arxiv.2302.14660,
title = {MD-Bench: Engineering the in-core performance of short-range molecular dynamics kernels from state-of-the-art simulation packages},
author = {Rafael Ravedutti Lucio Machado and Jan Eitzinger and Jan Laukemann and Georg Hager and Harald Köstler and Gerhard Wellein},
journal= {arXiv preprint arXiv:2302.14660},
year = {2023}
}
备注
17 pages, 10 figures, 5 tables. arXiv admin note: text overlap with arXiv:2207.13094