基于分层等变细化的抗体-抗原对接与设计
生物大分子
2022-07-15 v1 机器学习
摘要
计算抗体设计旨在自动生成与抗原结合的抗体。结合亲和力由抗体残基（互补位）与抗原残基（表位）密切相互作用的 3D 结合界面决定。因此，预测 3D 互补位-表位复合物（对接）是找到最佳互补位的关键。本文提出一种称为分层等变细化网络（HERN）的新模型用于互补位对接与设计。在对接过程中，HERN 采用分层消息传递网络预测原子力，并以迭代、等变方式利用它们细化结合复合物。在生成过程中，其自回归解码器逐步对接生成的互补位并构建结合界面的几何表征以引导下一残基选择。我们的结果表明，HERN 在互补位对接与设计基准上显著优于先前最先进水平。
引用
@article{arxiv.2207.06616,
title = {Antibody-Antigen Docking and Design via Hierarchical Equivariant Refinement},
author = {Wengong Jin and Regina Barzilay and Tommi Jaakkola},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.06616},
year = {2022}
}