AbFlow：基于相互作用增强流匹配的全原子抗体设计
定量方法
2026-02-10 v1 人工智能
计算工程、金融与科学
摘要
抗原-抗体结合是免疫反应中的关键过程。尽管近期进展推动了抗体设计，但现有方法缺乏用于 end-to-end 建模全原子抗体结构的生成框架，且难以充分利用抗原特异的几何信息来优化局部结合界面和全局结构。为此，本文引入 AbFlow，一种基于流匹配的框架，利用最优传输机制实现全原子抗体的端到端设计。AbFlow 集成了扩展速度场网络，配备具等效性的 Surface Multi-channel Encoder，该编码器利用表面级抗原相互作用数据来精炼抗体结构，尤其是 CDR-H3 区域。广泛实验表明，在以抗原表位(Paratope)为中心的抗体设计、多 CDR 区域设计、全原子抗体设计、结合亲和力优化以及复杂结构预测等任务中，AbFlow 能产生优越的抗原-抗体复合物，尤其在接触界面，显著提升所生成抗体的结合亲和力。
引用
@article{arxiv.2602.07084,
title = {AbFlow : End-to-end Paratope-Centric Antibody Design by Interaction Enhanced Flow Matching},
author = {Wenda Wang and Yang Zhang and Zhewei Wei and Wenbing Huang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2602.07084},
year = {2026}
}