利用边界距离图分析细胞中标记物表达的空间分布
应用统计
2010-11-16 v1
摘要
边界距离（BD）绘图是一种用于在细胞/核内部和之间对生化标记物的空间分布进行方向不变比较的技术。标记物表达在与边界距离相同的点上进行聚合。我们提出了一套利用BD绘图进行改进数据分析和统计推断的工具。BD是通过对核边界进行预平滑和过采样后，使用欧几里得距离变换计算得到的。标记物分布曲线通过使用线性递减带宽的平滑进行平均。平均表达曲线通过x轴缩放进行缩放和配准，以补偿不均匀照明和核边界标记中的误差。使用惩罚判别分析来表征平均标记物分布之间的分离质量。使用自适应分段线性模型比较核内、核周和核外区域的表达梯度。这些技术通过以下示例进行说明：(a) 一个涉及在不同细胞中标记的一对电压门控钙通道（Cav1.2和AB70）的两样本问题；(b) 一个涉及在同一细胞中标记的钙通道（Y1F4和RyR1）的配对样本问题。
引用
@article{arxiv.1011.3309,
title = {Analysis of spatial distribution of marker expression in cells using boundary distance plots},
author = {Kingshuk Roy Choudhury and Limian Zheng and John J. Mackrill},
journal= {arXiv preprint arXiv:1011.3309},
year = {2010}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/10-AOAS340 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)