基因组与转录组变异作为肺腺癌预后标志的分析
基因组学
2020-10-02 v2 应用统计
摘要
肺癌是全球死亡人数最多的首要原因，而肺腺癌（LUAD）是肺癌最常见的类型。本研究对从 The Cancer Genome Atlas (TCGA) 下载的 LUAD 患者的突变（包括单核苷酸变异（SNVs））、拷贝数变异（CNVs）、RNA-seq 及临床数据进行了整合元分析。我们整合显著 SNV 和 CNV 基因、差异表达基因（DEGs）以及活跃子网络中的 DEGs 来构建预后标志。采用带 Lasso 惩罚的 Cox 比例风险模型（LOOCV）在不同基因类别中识别最佳基因标志。训练集和测试集中的患者均依据基于所选基因标志计算的患者风险评分被聚类为高风险和低风险组。我们生成了一个由 12 个基因（DEPTOR、ZBTB16、BCHE、MGLL、MASP2、TNNI2、RAPGEF3、SGK2、MYO1A、CYP24A1、PODXL2、CCNA1）组成的标志用于总生存预测。高风险组与低风险组的生存时间存在显著差异。该 12 基因标志可预测预后，并且是 LUAD 患者生存的潜在预测因子。
引用
@article{arxiv.1911.00511,
title = {Analysis of Genomic and Transcriptomic Variations as Prognostic Signature for Lung Adenocarcinoma},
author = {Talip Zengin and Tuğba Önal-Süzek},
journal= {arXiv preprint arXiv:1911.00511},
year = {2020}
}
备注
46 pages