可重复研究的 Docker 入门：以 R 环境为例
软件工程
2015-03-06 v1
摘要
随着计算工作日益成为科学研究许多方面不可或缺的一部分，计算可重复性已成为计算机系统研究人员和领域科学家共同关注的日益重要的问题。尽管计算可重复性看似比复现实物实验更直接，但计算机环境的复杂性和快速变化使得复现和扩展此类工作成为严峻挑战。在本文中，我探讨了为某一研究项目开发的代码无法被后续研究人员成功执行或扩展的常见原因。我回顾了当前解决这些问题的方法，包括虚拟机和工作流系统，及其局限性。随后，我考察了新兴的流行技术 Docker 如何结合系统研究中的多个领域——如操作系统虚拟化、跨平台可移植性、模块化可重用元件、版本控制以及'DevOps'理念——来应对这些挑战。我通过几个 Docker 应用实例对此进行了说明，重点聚焦于 R 统计环境。
引用
@article{arxiv.1410.0846,
title = {An introduction to Docker for reproducible research, with examples from the R environment},
author = {Carl Boettiger},
journal= {arXiv preprint arXiv:1410.0846},
year = {2015}
}