RNA二级结构组合集的排序与逆排序算法

本文研究长度为$n$、具有$m$个碱基对的RNA二级结构的组合集。为紧凑表示，我们用相应的Motzkin词编码RNA二级结构。对该组合集，我们构造了AND/OR树结构，找到了组合集与AND/OR树变体集之间的双射，并开发了AND/OR树变体的排序与逆排序算法。所开发的排序与逆排序算法在时间复杂度上，当$m < n - 2 m$时为$O(m^2 (n - m))$，当$m > n - 2 m$时为$O(m (n - m)^2)$。与现有算法相比，新算法不需要预处理步骤且具有更好的时间复杂度。