里程碑法进展 II：利用里程碑空间中的随机路径积分从里程碑数据计算自相关
统计力学
2015-11-03 v1
摘要
里程碑法在计算平衡动力学性质（如分子动力学模拟中的速率常数）方面已取得巨大成功。本工作的目标是将里程碑法推进到非平衡统计力学领域，特别是时间关联函数的计算。为此，我们引入了一种新方法，用于获得通过给定里程碑构型的通量作为时间和初始构型的函数，并基于此建立了一种描述离散构型空间中布朗运动自相关的新形式体系。该方法随后应用于三个不同的测试系统：谐振子（解析求解）、双势阱（数值求解）以及丙氨酸二肽的原子级分子动力学模拟。
引用
@article{arxiv.1511.00045,
title = {Advancements in Milestoning II: Calculating Autocorrelation from Milestoning Data Using Stochastic Path Integrals in Milestone Space},
author = {Gianmarc Grazioli and Ioan Andricioaei},
journal= {arXiv preprint arXiv:1511.00045},
year = {2015}
}