用于细菌建模的主动骨架
计算机视觉与模式识别
2016-12-23 v4
摘要
研究细菌细胞及其分子组分的时空动力学需要自动图像分析工具来追踪细胞形状特性及分子组分在细胞内的位置。在细菌衰老研究中，感兴趣的分子组分是聚集在细菌边界附近的蛋白质聚集体。这一特殊位置使得聚集体与细胞之间的对应关系非常模糊，因为在相差延时成像中精确计算细菌边界是一项具有挑战性的任务。本文提出了一种用于细菌建模的主动骨架公式，它具有若干优点：易于计算形状特性（周长、长度、厚度、方向），在噪声图像中提高了边界精度，以及一个自然的以细菌为中心的坐标系，允许在细胞内对分子组分进行本征定位。从初始骨架估计开始，通过最小化一个融合了细菌形状约束的能量函数来获得细菌的中轴。在生物图像上的实验结果和性能比较评估验证了所提出的方法对像大肠杆菌这样的雪茄形细菌建模的有效性。该方法的 Image-J 插件可在 http://fluobactracker.inrialpes.fr 在线获取。
引用
@article{arxiv.1507.06504,
title = {Active skeleton for bacteria modeling},
author = {Jean-Pascal Jacob and Mariella Dimiccoli and Lionel Moisan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1507.06504},
year = {2016}
}
备注
Published in Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging and Visualizationto appear in