计算基因组尺度生化网络中非平衡通量与势的变分原理
分子网络
2011-09-20 v2 定量方法
摘要
我们推导出稳态非平衡生化反应网络上的一个凸优化问题，其性质是能量守恒和热力学第二定律在问题解处同时成立。这为生化网络提出了一个新的变分原理，且能以计算上易于处理的方式实现。我们推导出该优化问题的拉格朗日对偶，并利用强对偶性证明，在最优性处，一个生化版的Tellegen定理成立。每个最优通量依赖于一个自由参数，当假设质量作用动力学时，我们将该参数与一个基本动力学参数相关联。
引用
@article{arxiv.1105.1513,
title = {A variational principle for computing nonequilibrium fluxes and potentials in genome-scale biochemical networks},
author = {Ronan M. T. Fleming and Christopher M. Maes and Michael A. Saunders and Yinyu Ye and Bernhard Ø. Palsson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1105.1513},
year = {2011}
}
备注
17 pages, 1 figure