一种用于流分解与转录本组装的实用 FPT 算法
数据结构与算法
2017-08-31 v3 基因组学
摘要
流分解问题询问覆盖有向无环图上流的最小加权路径集，最近被用作转录本组装中的一个重要计算步骤。我们通过给出一个实用的线性 FPT 算法，证明了该问题在以路径数为参数时属于 FPT。进一步，我们基于该算法实现并工程化了一个流分解求解器，并在 RNA 测序数据上评估其性能。关键在于，我们的求解器在获得与最先进的启发式算法竞争的运行时间的同时，能找到精确解。最后，我们结合两个与预处理和权重恢复相关的硬度结果，阐释我们的设计选择。具体而言，在标准复杂性假设下，-流分解不承认多项式核，而给定一组路径分配（已知）权重的相关问题是 NP-hard 的。
引用
@article{arxiv.1706.07851,
title = {A practical fpt algorithm for Flow Decomposition and transcript assembly},
author = {Kyle Kloster and Philipp Kuinke and Michael P. O'Brien and Felix Reidl and Fernando Sánchez Villaamil and Blair D. Sullivan and Andrew van der Poel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.07851},
year = {2017}
}
备注
Introduces software package Toboggan: Version 1.0. http://dx.doi.org/10.5281/zenodo.821634