基于Dirichlet树多项模型的微生物组系统发育扫描检验
应用统计
2017-03-20 v2
摘要
本文中，我们引入系统发育扫描检验(PhyloScan)，用于利用Dirichlet树多项(DTM)模型研究微生物组组成的跨组差异。DTM通过系统发育树内部节点上一系列独立的局部DM对微生物组数据建模。每个局部DM捕捉给定分辨率下一定数量操作分类单元(operational taxonomic units)的计数分布。由于分布差异往往沿进化谱系成簇出现，我们设计了一种覆盖系统发育树的扫描统计量，使节点能从父节点和子节点借用信号强度。我们还推导了约束扫描统计量尾概率的公式，并通过模拟验证其准确性。PhyloScan流程应用于American Gut数据集以识别与饮食习惯相关的分类群。在该数据集上的实证研究表明，PhyloScan在大多数情况下实现了更高的检验功效。
引用
@article{arxiv.1610.08974,
title = {A phylogenetic scan test on Dirichlet-tree multinomial model for microbiome data},
author = {Yunfan Tang and Li Ma and Dan L. Niclolae},
journal= {arXiv preprint arXiv:1610.08974},
year = {2017}
}