中文

基于返回概率理论和分子动力学模拟的膜通透性定量方法

软凝聚态物质 2024-07-16 v2 生物物理 化学物理

摘要

我们提出了一种理论方法,用于估算基质(渗透物)通过膜从供体(D)相到接受(A)相的通透系数。该方法基于分子动力学(MD)模拟。我们方法的核心在于对返回概率(RP)理论进行重新表述,这是一种严格的双分子反应理论,用于描述渗透现象。该重新表述依赖于渗透过程与双分子反应过程之间的类比。在本方法中,通透系数以介于膜内区域内的反应(R)相中的热力学和动力学量的形式表示。可以使用从R相出发的多个MD轨迹来评估这些量。我们将RP理论应用于乙醇和甲基胺在不同浓度(无限稀释和1摩尔%条件下)的渗透。对于1摩尔%条件下,本方法给出的乙醇通透系数为0.12±0.01 cm s10.12 \pm 0.01 ~\mathrm{cm~s^{-1}},甲基胺为0.069±0.006 cm s10.069\pm 0.006~\mathrm{cm~s^{-1}},而这些值与粗暴MD模拟得到的值相当接近[乙醇为0.18±0.03 cm s10.18\pm 0.03 ~\mathrm{cm~s^{-1}},甲基胺为0.052±0.005 cm s10.052 \pm 0.005 ~\mathrm{cm~s^{-1}}]。此外, upon分析通透的热力学和动力学贡献,我们阐明了乙醇的通透性浓度依赖性比甲基胺更高,这源于乙醇在膜内区域内的自由能垒对乙醇浓度敏感的本质。

关键词

引用

@article{arxiv.2404.11363,
  title  = {A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation},
  author = {Yuya Matsubara and Ryo Okabe and Ren Masayama and Nozomi Morishita Watanabe and Hiroshi Umakoshi and Kento Kasahara and Nobuyuki Matubayasi},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2404.11363},
  year   = {2024}
}

备注

17 pages, 6 figures for maintext