钙黄绿素荧光染料的 Martini 粗粒化模型
计算物理
2019-01-11 v1 软凝聚态物质
生物物理
生物大分子
摘要
钙黄绿素泄漏实验是探测外部试剂对合成脂质囊泡所造成损伤程度的常用实验装置。与钙黄绿素从脂质体释放相关的荧光信号是囊泡破裂、瞬态孔形成或囊泡融合的特征。此类实验广泛用于测试生物大分子（如蛋白质、抗菌肽与 RNA）的膜破坏效应，也用于以聚合物、金属或氧化物为核的合成纳米颗粒。关于钙黄绿素及其他荧光染料可能对脂质双层性质产生影响、潜在改变其结构与通透性的认识甚少。本文我们开发了兼容 Martini 脂质力场的钙黄绿素粗粒化模型。我们通过比较其二聚化自由能、不同浓度下的聚集行为以及与 1-棕榈酰-2-油酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱（POPC）膜的相互作用与原子分辨率下的结果来验证该模型。我们的钙黄绿素粗粒化描述适用于大尺寸钙黄绿素填充脂质体及其与外部试剂相互作用的模拟，从而允许模拟与实验脂质体泄漏实验直接比较。
引用
@article{arxiv.1901.03105,
title = {A Martini coarse-grained model of the calcein fluorescent dye},
author = {Sebastian Salassi and Federica Simonelli and Alessio Bartocci and Giulia Rossi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1901.03105},
year = {2019}
}