自适应偏置势的快速开源实现揭示了染色质调节因子 BRD4 的配体设计策略
计算物理
2016-11-23 v1 化学物理
生物大分子
摘要
在本简报中，我们介绍了一种自适应偏置的高效实现，极大提高了分子动力学模拟中自由能计算的速度。我们使用一种近期报道的、具有临床相关性的染色质调节因子 BRD4 抑制剂，研究了利用加速模拟来指导化合物设计。在我们的本地计算集群上进行基准测试，我们的实现每天实现的力调用次数最多可达 plumed2 的 2.5 倍。我们展示了五次 1 微秒长模拟的结果，揭示了 BRD4 抑制剂在结合活性与非活性状态之间的构象转换。稳定该转换使绝对结合自由能改善了 -3 kcal/mol。这些研究提出了一种未被探索的配体设计原理，并为针对这一可成药的表观遗传靶点类的药物化学工作提供了新的可操作假设。
引用
@article{arxiv.1609.09833,
title = {A fast, open source implementation of adaptive biasing potentials uncovers a ligand design strategy for the chromatin regulator BRD4},
author = {Bradley M. Dickson and Parker W de Waal and Zachary H Ramjan and H Eric Xu and Scott B. Rothbart},
journal= {arXiv preprint arXiv:1609.09833},
year = {2016}
}