一种识别方差效应的贝叶斯检验
定量方法
2015-12-08 v1 基因组学
统计方法学
摘要
识别调控数量性状（即QTLs）的遗传变异是统计遗传学领域的主要焦点。当前大多数方法仅限于识别均值效应，即基因型与数量性状均值之间的关联。然而，遗传变异有可能影响数量性状的方差，而非影响性状均值，或除影响均值外还影响方差。本文中，我们开发了一种通用的方法学途径，利用贝叶斯异方差线性回归模型来识别对数量性状具有方差效应的协变量。我们表明，我们的贝叶斯异方差检验（Bayesian test for heteroskedasticity，BTH）在从数量性状分析常见情景中抽取的大范围模拟中，优于经典的变异差异检验。我们将BTH应用于甲基化QTL研究数据和表达QTL研究数据，以识别方差QTLs。与基因组学中使用的三种异方差检验相比，我们阐明了使用我们方法的益处，包括通过纳入不确定性避免过拟合以及灵活识别异方差效应。
引用
@article{arxiv.1512.01616,
title = {A Bayesian test to identify variance effects},
author = {Bianca Dumitrascu and Gregory Darnell and Julien Ayroles and Barbara E Engelhardt},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.01616},
year = {2015}
}