XDIP：铁含蛋白素X射线吸收光谱数据集
生物大分子
2025-09-24 v2
摘要
铁是调节蛋白质结构和功能中必不可少的金属元素。本研究提出了一个综合性的X射线吸收光谱(XAS)数据库，聚焦于铁含蛋白素，旨在填补现有高品质注释光谱数据在铁含蛋白素方面的关键性空白。该数据库将详细的XAS光谱与蛋白质的相应局部结构数据相结合， enables direct comparison between spectral features and structural motifs。本研究采用手动策划和半自动数据提取技术相结合的方法，通过广泛的文献综述开发了一个综合性数据集，确保数据质量和准确性，该数据集包含437个蛋白质结构和1954个XAS光谱。我们的 methods 包括严格的文档记录和验证过程，以确保准确性和可重复性。这一数据集不仅集中信息 on iron-containing proteins，而且支持高级数据驱动的发现，如机器学习，用于预测和分析蛋白质的 structure and functions。本工作强调了将详细的光谱数据与结构生物学相整合，以推动生物化学和催化领域发展的潜力。
引用
@article{arxiv.2504.18554,
title = {XDIP: A Curated X-ray Absorption Spectrum Dataset for Iron-Containing Proteins},
author = {Yufeng Wang and Peiyao Wang and Lu Wei and Emerita Mendoza Rengifo and Dali Yang and Lu Ma and Yuewei Lin and Qun Liu and Haibin Ling},
journal= {arXiv preprint arXiv:2504.18554},
year = {2025}
}