家牛祖先关系、分化与混合的全球模式

家牛的驯化与发展对人类社产生了深远影响，但关于家牛品种的历史，尤其是非洲、亚洲和美洲品种的历史，人们知之甚少。利用在 1,543 头动物中评分的 43,043 个常染色体单核苷酸多态性标记的基因型，我们评估了 134 个家养牛品种的群体结构。无论采用何种分析方法或样本子集，均一致观察到亚洲瘤牛、欧亚普通牛和非洲普通牛这三大类群。系统发育网络中可识别出由与人类共同迁徙及出口贸易导致的地理扩散模式。所有分析方法均揭示了分化后发生的杂交模式。利用 19 个品种，我们绘制了瘤牛基因渗入非洲的渐变群。我们推断，非洲普通牛拥有大量野生非洲原牛的血统，这导致了其与欧亚普通牛的分化。我们检测到了亚洲的出口模式，并识别出亚洲存在欧亚普通牛/瘤牛杂交的渐变群。我们还确定了除普通牛（Bos taurus）以外的物种对亚洲品种形成的影响。我们检测到了短角牛（Shorthorn）对欧洲品种形成的显著影响。伊比利亚和意大利牛具有来自非洲普通牛的基因渗入。美洲克里奥罗牛（Criollo）被证明源自伊比利亚而非非洲。瘤牛基因渗入美洲牛发生在美洲而非欧洲。我们认为，随后的混合所伴随的牛群迁徙、移动和贸易是塑造现代牛基因组变异的重要力量。