小鼠解剖学背景下的基因表达信息可视化
人机交互
2014-07-09 v1 图形学
定量方法
摘要
背景：小鼠基因表达图谱（EMAGE）是一个在线资源，发布关于发育中小鼠的原位基因表达实验结果。该资源提供了全面的搜索功能，但缺乏用于导航数据集的分析工具或视觉机制。为解决缺失的视觉导航问题，本文探讨了在 EMAGE 中应用旭日图和冰柱图可视化。结果：原型解决方案提供了一个简单的用户界面，帮助用户查询 EMAGE 并生成旭日图/冰柱图。一项由 EMAGE 工作人员作为测试主体的评估研究了这些可视化效果，并提供了一系列改进建议。此外，评估发现，除了提供遍历数据的视觉手段外，当进行分组时，旭日图还能提供交互式概览，有助于分析相关基因集。结论：旭日图和冰柱图已被证明是总结基因表达数据的有效工具。具有节省空间径向布局的旭日图被发现特别适用于提供基因家族或通路的概览。目前正在进行将这些可视化集成到 EMAGE 中的工作。
引用
@article{arxiv.1407.2117,
title = {Visualization of gene expression information within the context of the mouse anatomy},
author = {Andy Taylor and Kenneth McLeod and Chris Armit and Richard Baldock and Albert Burger},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.2117},
year = {2014}
}
备注
BioVis 2014 conference