Viash：从脚本到流水线
软件工程
2021-10-25 v1
摘要
多数生物信息学流水线由与流水线自身逻辑紧密耦合的软件组件构成。这限制了流水线中各个组件的可复用性，或当它们需在多个流水线中重新实现时引入维护开销。我们介绍Viash，一种通过“代码优先”原型开发、关注点分离与模块化流水线组件的代码生成来加速鲁棒流水线开发的工具。通过将组件功能与流水线逻辑解耦，组件功能变得完全流水线无关，反之所得流水线对特定组件需求也无关。这种关注点分离提升了组件可复用性，并促进多学科与跨组织协作。它已应用于多种项目，从概念验证流水线到支持国际数据科学竞赛。Viash作为开源项目发布于https://github.com/viash-io/viash，文档见https://viash.io。
引用
@article{arxiv.2110.11494,
title = {Viash: from scripts to pipelines},
author = {Robrecht Cannoodt and Hendrik Cannoodt and Eric Van de Kerckhove and Andy Boschmans and Dries De Maeyer and Toni Verbeiren},
journal= {arXiv preprint arXiv:2110.11494},
year = {2021}
}
备注
6 pages, 3 figures