可组合的生物信息学语言：NYoSh 实验
软件工程
2013-11-25 v2 计算工程、金融与科学
定量方法
摘要
语言工作台是帮助领域专家开发各类问题解决方案的软件工程工具。其中一些工具面向非技术用户，提供用于组织知识的语言；而另一些工作台则提供创建新编程语言的手段。语言工作台的一个关键优势在于支持独立开发的语言的组合。这种能力在开发能够从不同抽象层级受益的程序时非常有用。我们推测语言工作台可用于开发生物信息学软件解决方案。为了评估语言工作台在生物信息学中的潜力，我们通过开发一种替代 shell 脚本的方案测试了一个主流工作台。虽然 shell 脚本在生物信息学中被广泛用于自动化计算分析，但现有的脚本语言缺乏现代编程语言具有的许多特性。我们报告了 NYoSh（Not Your ordinary Shell）的设计。NYoSh 实现为一组可组合的语言，能够编写出与 shell 脚本一样表达力强且简洁的程序。NYoSh 具体展示了语言工作台技术能为生物信息学带来的优势。例如，NYoSh 脚本可以使用感知环境的编辑器进行编辑，该编辑器提供语义错误检测功能，并可与自动构建和部署系统交互式编译。与 shell 脚本相比，NYoSh 脚本可以在现代开发环境中编写，支持上下文相关的意图，并能无缝扩展新的抽象和语言结构。我们通过展示 NYoSh 脚本与 GobyWeb 系统的紧密集成，演示了语言的扩展与组合。NYoSh 工作台原型发布于 http://nyosh.campagnelab.org
引用
@article{arxiv.1311.5550,
title = {Composable Languages for Bioinformatics: The NYoSh experiment},
author = {Manuele Simi and Fabien Campagne},
journal= {arXiv preprint arXiv:1311.5550},
year = {2013}
}
备注
10 pages, 9 figures. Supplementary material: 4 generated source listings. Comment on this manuscript on Twitter or Google+ with this handle: #NYoSh