利用快速自适应函数逼近器计算蛋白-丝状纤维结合动力学
软凝聚态物质
2024-05-09 v2
摘要
细胞骨架由生物聚合物丝状纤维、分子马达和被动交联蛋白组成，为细胞提供内部结构以促成运动、生长和细胞分裂。理解微观马达-丝状纤维动力学与动态对于认识重构细胞骨架组装体的宏观行为（如自组织流动和活性应力）至关重要。在本研究中，我们采用基于树搜索和并行计算的自适应快速切比雪夫逼近器，以精确恢复交联蛋白的平衡分布。因此，它通过动力学蒙特卡洛采样在结合过程中满足细致平衡，同时保持成本效益。此外，我们提供可扩展功能，包括通过预构建分离仿真过程，以及允许自由加载马达势能的不同闭式表达式。总体而言，本研究推动了函数逼近在计算上的进展，并有望更好地描述细胞骨架活性物质的演化。
引用
@article{arxiv.2311.03602,
title = {Using a Fast Adaptive Function Approximator to calculate Protein-Filament Binding Kinetics},
author = {Zihan Zhang and Adam R. Lamson and Robert Blackwell},
journal= {arXiv preprint arXiv:2311.03602},
year = {2024}
}