高阶系统尺寸修正对大分子扩散系数有用性的分子动力学研究
化学物理
2022-10-19 v2 软凝聚态物质
生物物理
摘要
Yeh 和 Hummer 的简化估计方法常被采用，以利用分子动力学模拟获得溶质分子的扩散系数。然而，当使用小基本元胞时，该简化公式未必成立。因此，我们进行了水溶液蛋白质的分子动力学模拟，以估计无限稀释极限下的扩散系数。我们在模拟数据中确认了与简化公式的偏离，并基于未简化公式对该差异作出了解释。
引用
@article{arxiv.2205.09323,
title = {Usefulness of Higher Order of System-Size Correction for Diffusion Coefficients of Macromolecules: A Molecular Dynamics Study},
author = {Tomoya Iwashita and Masaaki Nagao and Akira Yoshimori and Masahide Terazima and Ryo Akiyama},
journal= {arXiv preprint arXiv:2205.09323},
year = {2022}
}
备注
20pages, 5figures