通过从转录组数据推断活性配体解开细胞间通讯谜题
细胞行为
2024-04-26 v1
摘要
配体-受体相互作用构成细胞间通讯和信号传导的基本机制。NicheNet 是一个已建立的计算工具，用于推断可能调控接收细胞群体中基因表达变化的配体-受体相互作用。尽管原始出版物深入探讨了算法和验证方法，但本文描述了基于四年经验和用户反馈培育的的最佳实践工作流程。从输入的单细胞表达矩阵开始，我们描述了一种“发送方不敏感”方法，考虑来自整个微环境的配体；以及一种“发送方聚焦”方法，仅考虑感兴趣细胞群体的配体。作为输出，用户将获得一系列被优先排序的配体及其潜在靶基因列表，以及多种可视化结果。在 NicheNet v2 中，我们更新了数据来源并实现了用于优先排序细胞类型特异性配体-受体对的下游程序。尽管标准的 NicheNet 分析运行时间不足 10 分钟，但用户往往会投入额外时间来决定最适合其生物学问题的方案和参数。本文旨在帮助完成此决策过程，描述适用于常见实验设计（如案例-对照和细胞分化研究）的最佳工作流程。最后，除了对代码的逐步描述外，我们还提供了包装函数，使分析能够仅用一行代码运行，从而使该工作流程适用于不同水平计算技能的用户。
引用
@article{arxiv.2404.16358,
title = {Unraveling cell-cell communication with NicheNet by inferring active ligands from transcriptomics data},
author = {Chananchida Sang-aram and Robin Browaeys and Ruth Seurinck and Yvan Saeys},
journal= {arXiv preprint arXiv:2404.16358},
year = {2024}
}
备注
28 pages, 3 figures