UniMoMo：面向去 novo 键合设计的 3D 分子统一生成模型
机器学习
2025-05-27 v3 生物大分子
摘要
针对生物研究和药物发现中针对特定靶点的小分子、肽段和抗体等分子的设计至关重要。现有生成方法局限于单一分子领域，无法满足灵活的治疗需求或利用跨域可迁移性来提升模型性能。本文介绍了统一的 3D 分子生成模型框架UniMoMo（Unified generative Modeling of 3D Molecules），这是第一个能够使用单一模型设计多个分子领域键合物的框架。具体而言，UniMoMo 将不同分子表示统一为块图，其中每个块对应标准氨基酸或分子片段。随后，UniMoMo采用几何潜在扩散模型进行 3D 分子生成，特点是采用迭代的全原子自编码器将块压缩到潜在空间点，然后进行 E(3) 不变扩散过程。广泛的在肽段、抗体和小分子上的基准测试表明，我们的统一框架优于现有领域特定模型，凸显了多域训练的优势。
引用
@article{arxiv.2503.19300,
title = {UniMoMo: Unified Generative Modeling of 3D Molecules for De Novo Binder Design},
author = {Xiangzhe Kong and Zishen Zhang and Ziting Zhang and Rui Jiao and Jianzhu Ma and Wenbing Huang and Kai Liu and Yang Liu},
journal= {arXiv preprint arXiv:2503.19300},
year = {2025}
}
备注
Accepted to ICML 2025