化学空间中不稳定分子的故障排查
化学物理
2020-10-16 v2
摘要
自动化化合物空间探索的一个关键挑战是确保最小能量几何的真实性——以保持预期的成键连接性。我们讨论一种利用量子力学模型间邻近性的保持连接性几何优化的迭代高通量工作流。该方法在QM9数据集上基准测试，该集包含133,885个小分子的DFT级别性质；其中3,054个具有可疑的几何稳定性。我们成功排查了2,988个分子，并确保期望的路易斯结构与最终几何之间的一一映射。我们基于DFT与后DFT方法的工作流将66个分子识别为不稳定；52个含有 ，其余因棱锥化sp C而 strained。在精选数据集中，我们检查具有长CC键的分子，并借助电子密度拓扑分析识别出超长候选(~\AA{})。我们希望所提策略能在大数据量子化学计划中发挥作用。
引用
@article{arxiv.2010.02635,
title = {Troubleshooting Unstable Molecules in Chemical Space},
author = {Salini Senthil and Sabyasachi Chakraborty and Raghunathan Ramakrishnan},
journal= {arXiv preprint arXiv:2010.02635},
year = {2020}
}