面向可扩展生物建模的 Event-B 方法
分子网络
2021-05-24 v1 计算与语言
摘要
生物学提供了许多大规模、复杂、并发系统的例子:许多过程并行发生、竞争资源并相互影响彼此的行为。生物系统的可扩展建模一直是一个非常活跃的研究领域。在本文中,我们引入了一种基于 Event-B 的新方法,Event-B 是一种以精化为核心组成部分的基于状态的形式化方法,使我们能够以自动化方式逐步检查模型一致性。我们基于函数的方法带来了一种优雅而简洁的建模方法。我们通过构建据我们所知有史以来最大的 Event-B 模型来展示该方法,该模型描述了 ErbB 信号通路——一条在发育和许多癌症类型中具有重要作用的关键进化通路。ErbB 通路的 Event-B 模型通过 242 个事件描述了 1320 个分子反应。
引用
@article{arxiv.2105.10344,
title = {Towards Scalable Modeling of Biology in Event-B},
author = {Usman Sanwal and Thai Son Hoang and Luigia Petre and Ion Petre},
journal= {arXiv preprint arXiv:2105.10344},
year = {2021}
}