基于 FPGA 的多肽鉴定硬件加速中面向面积的区块优化
计算工程、金融与科学
2014-03-31 v1
摘要
过去几十年来生命科学的进步导致了海量生物数据的产生。在涉及生物数据分析与分类的领域，计算研究已成为推动生物学发现的关键部分。字符串匹配算法可应用于蛋白质/基因序列匹配，且随着待分析字符串数据库规模的急剧增长，这些算法的软件实现似乎已触及硬性极限，人们越来越寻求硬件加速。包括现场可编程门阵列 (FPGA)、图形处理器 (GPU) 和芯片多处理器 (CMP) 在内的多种硬件平台正被作为硬件加速平台进行探索。在本文中，我们对字符串匹配算法硬件加速的相关文献进行了全面概述，开展了 FPGA 硬件探索，并通过设计自动化技术缩短了设计时间。此外，我们的设计自动化还通过优化 FPGA 区块中可表示的多肽数量，实现了更好的硬件利用率优化。结果表明，设计时间和硬件利用率均有显著改善，本文报告了这些结果。
引用
@article{arxiv.1403.7296,
title = {Tile optimization for area in FPGA based hardware acceleration of peptide identification},
author = {S. M. Vidanagamachchi and S. D. Dewasurendra and R. G. Ragel and M. Niranjan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1403.7296},
year = {2014}
}