蛋白质折叠的热力学
生物大分子
2023-07-10 v2
摘要
尽管目前已有许多关于蛋白质结构、分子模拟、热力学以及生物信息学方法的优秀教材，但结构生物信息学领域尚缺乏一本合适的入门级著作。本书旨在对结构生物信息学进行介绍，该领域将上述主题汇聚于一体，通过计算分析来探索三维蛋白质结构。我们概述了现有的计算技术，用以验证、模拟、预测和分析蛋白质结构。更重要的是，本书旨在提供关于如何以及何时使用这些技术的实用知识。我们将从三个主要视角考察蛋白质：蛋白质结构量化、蛋白质结构预测，以及蛋白质模拟与动力学。在上一章“蛋白质折叠导论”中，我们介绍了自由能和蛋白质折叠势能面的概念。在此，我们基于熵和焓对自由能提供更深入、更形式化的基础；为此，我们首先需要更好地定义平衡、熵和焓的含义。当我们理解这些概念后，将回过头来对蛋白质折叠与动力学给出更具定量性的解释。我们将讨论温度对自由能势能面的影响，以及微观态与宏观态之间的区别。
引用
@article{arxiv.2307.02175,
title = {Thermodynamics of Protein Folding},
author = {Juami H. M. van Gils and Halima Mouhib and Erik van Dijk and Maurits Dijkstra and Isabel Houtkamp and Arthur Goetzee and Sanne Abeln and K. Anton Feenstra},
journal= {arXiv preprint arXiv:2307.02175},
year = {2023}
}
备注
editorial responsability: Juami H. M. van Gils, K. Anton Feenstra, Sanne Abeln. This chapter is part of the book "Introduction to Protein Structural Bioinformatics". The Preface arXiv:1801.09442 contains links to all the (published) chapters. The update adds available arxiv hyperlinks for the chapters