B-DNA 的热导率
计算物理
2021-02-09 v1 介观与纳米尺度物理
软凝聚态物质
生物物理
摘要
本文采用经典分子动力学（MD）模拟计算了 Drew-Dickerson 序列 d(CGCGAATTCGCG) 的 B 型双链 DNA（dsDNA）的热导率。与以往为提高模拟速度而聚焦于 DNA 简化一维模型或粗粒化模型的研究不同，本文采用全原子模拟以理解 B-DNA 中的热传导。利用 Einstein Green-Kubo 平衡与 Müller-Plathe 非平衡形式，研究了 100 至 400 K 不同温度下的热导率。发现室温下 B-DNA 的热导率在平衡方法中为 1.5 W/mK，在非平衡方法中为 1.225 W/mK。此外，由热导率随温度的变化获得了 B-DNA 的变性区间，其与先前使用 Peyrard-Bishop Dauxois（PBD）模型在约 350 K 温度下的结果一致。量子热容（）为 12 bp B-DNA 的德拜温度和变性温度提供了额外线索。
引用
@article{arxiv.2009.14792,
title = {Thermal conductivity of B-DNA},
author = {Vignesh Mahalingam and Dineshkumar Harursampath},
journal= {arXiv preprint arXiv:2009.14792},
year = {2021}
}