弱相互作用在利用拉马钱德兰图(φ-ψ)的QTAIM解释表征肽折叠偏好中的作用
化学物理
2018-04-03 v1 原子与分子团簇
摘要
拉马钱德兰图是理解生物分子结构的有力工具，然而，原始拉马钱德兰图公式仅考虑主链构象。我们提出了对原始拉马钱德兰图()的新解释，该解释可包含对弱相互作用的描述，包括氢键和HH键，作为推导肽折叠现象见解的新方法。我们使用QTAIM（分子中原子量子理论）来解释拉马钱德兰图。具体而言，我们表明QTAIM分析允许识别拉马钱德兰图的关键区域，而无需海量数据集。在QTAIM矢量推导的解释性拉马钱德兰图与传统拉马钱德兰图()之间发现了高度非线性的关系，表明这种新方法并非简单的坐标变换。在QTAIM解释的拉马钱德兰图框架内对主链和弱键的研究发现与物理直觉一致。计算得到的氢键和HH键的最不偏好方向与拉马钱德兰图的“不可能”区域重合。
引用
@article{arxiv.1706.05658,
title = {The Role of Weak Interactions in Characterizing Peptide Folding Preferences using a QTAIM Interpretation of the Ramachandran Plot ({\phi}-{\psi})},
author = {Roya Momen and Alireza Azizi and Lingling Wang and Yang Ping and Tianlv Xu and Steven R. Kirk and Wenxuan Li and Sergei Manzhos and Samantha Jenkins},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.05658},
year = {2018}
}
备注
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