用于极化 QM/MM 性质与动力学计算的 OpenMMPol 库
化学物理
2024-01-29 v1
摘要
我们推出了一个新的库，旨在为基于诱导点偶极的 QM/AMOEBA 及其他极化 QM/MM 方法提供一种简单直接的实现途径。该库在本文中称为 OpenMMPol，免费且开源，专为满足对精确高效 QM/MM 模拟日益增长的需求而设计。OpenMMPol 专门设计用于实现基态能量与梯度以及激发态性质的极化 QM/MM 计算。OpenMMPol 的主要特点包括：便于扩展的模块化架构、在现代集群架构上提升性能的并行计算能力、用于直观实现的用户友好界面，以及用于提供输入数据的简单灵活的结构。为展示该库所提供的功能，我们给出了一个与 PySCF 的接口，用于执行基于 (TD)DFT 的 QM/AMOEBA 分子动力学、几何优化和激发态计算。
引用
@article{arxiv.2401.14691,
title = {The OpenMMPol Library for Polarizable QM/MM Calculations of Properties and Dynamics},
author = {Mattia Bondanza and Tommaso Nottoli and Michele Nottoli and Lorenzo Cupellini and Filippo Lipparini and Benedetta Mennucci},
journal= {arXiv preprint arXiv:2401.14691},
year = {2024}
}