位置特异性和成分特异性空位代价在蛋白质相似性搜索中的有效性
生物大分子
2008-10-31 v1 定量方法
摘要
隐马尔可夫模型 (HMMs) 所享有的空位代价灵活性预计能使其比位置特异性评分矩阵 (PSSMs) 具有更好的检索准确率。我们试图通过分别考察位置特异性和成分特异性空位分数的影响，并比较使用迭代程序构建的 PSSMs 与由 Pfam 和 SUPERFAMILY（经过策划的多重比对集合）提供的 HMMs 的检索准确率，来量化更通用空位参数的效应。我们发现位置特异性空位罚分优于均匀空位代价。我们未探索为每个查询优化不同的均匀空位代价。对于 Pfam，基于 HMM 共识序列种子迭代构建的 PSSMs 表现得与调整为具有恒定空位转移概率的 HMMs 相当，尽管前者方差大得多。我们未观察到成分特异性空位代价对检索性能有影响。
引用
@article{arxiv.0801.2587,
title = {The effectiveness of position- and composition-specific gap costs for protein similarity searches},
author = {Aleksandar Stojmirović and E. Michael Gertz and Stephen F. Altschul and Yi-Kuo Yu},
journal= {arXiv preprint arXiv:0801.2587},
year = {2008}
}
备注
17 pages, 4 figures, 2 tables