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Synplex:一种高度复用组织学图像的合成模拟器

计算机视觉与模式识别 2021-03-09 v1 定量方法 组织与器官

摘要

多重组织免疫染色是一项日益重要的技术,因为它能够原位捕获肿瘤微环境各要素之间存在的复杂相互作用。大型、带标注图像数据集的存在与可及性,是生物图像分析算法客观开发与基准测试的关键。然而,多重图像的手动标注费力且常不可行。本文中,我们提出 Synplex,一种能够基于用户定义参数生成多重免疫染色原位组织图像的仿真系统。这包括结构属性的设定,如细胞表型数量、细胞标记物的数量与表达水平,或细胞形态。Synplex 由三个顺序模块组成,各自负责独立任务:细胞邻域建模、细胞表型建模,以及真实细胞/组织纹理合成。通过生成模拟真实场景中疾病范式的合成组织,Synplex 的灵活性与准确性在定性与定量上均得到展示。Synplex 已公开供科研使用,我们相信它将成为多重图像分析算法训练和/或验证的宝贵工具。

关键词

引用

@article{arxiv.2103.04617,
  title  = {Synplex: A synthetic simulator of highly multiplexed histological images},
  author = {Daniel Jiménez-Sánchez and Mikel Ariz and Carlos Ortiz-de-Solórzano},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2103.04617},
  year   = {2021}
}

备注

17 pages, 6 figures