基因调控网络的有监督、半监督和无监督推断
分子网络
2013-01-08 v1 定量方法
机器学习
摘要
从表达数据推断基因调控网络是一项具有挑战性的任务。许多方法已被开发用于此目的，但缺乏对无监督、半监督和有监督方法的全面评估，以及提供其实践应用的指南。我们在模拟表达数据上对推断方法进行了广泛评估。结果揭示无监督技术的预测准确率非常低，但z-score方法在敲除数据上表现突出。在所有其他情况下，有监督方法达到了最高准确率，即使在只有少量正样本的半监督设置中，也优于无监督技术。
引用
@article{arxiv.1301.1083,
title = {Supervised, semi-supervised and unsupervised inference of gene regulatory networks},
author = {Stefan R. Maetschke and Piyush B. Madhamshettiwar and Melissa J. Davis and Mark A. Ragan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1301.1083},
year = {2013}
}