StochDecomp：用于随机生化系统噪声分解的 Matlab 软件包
定量方法
2013-08-15 v1 分子网络
摘要
随机性是细胞水平生化过程不可或缺的方面。关于噪声如何进入并在生化系统中传播的研究为我们提供了关于随机性起源的非平凡见解，但总体而言，这些研究构成了不同理论分析的拼凑。在此，我们提出了一种灵活且普遍适用的噪声分解工具，该工具允许我们计算单个反应对系统输出总变异性的贡献。利用该软件包，因此可以量化噪声如何进入并在生化系统中传播。我们还使用 JAK-STAT 信号通路进行了演示和举例，表明可以直接从实验数据推断出由单个反应产生的噪声贡献。这是第一个允许将噪声分解为由单个反应产生的贡献的计算工具。
引用
@article{arxiv.1308.3103,
title = {StochDecomp - Matlab package for noise decomposition in stochastic biochemical systems},
author = {Tomasz Jetka and Agata Charzynska and Anna Gambin and Michael P. H. Stumpf and Michal Komorowski},
journal= {arXiv preprint arXiv:1308.3103},
year = {2013}
}