用于降噪与稳定性增强的酶逻辑门与网络优化

生化计算试图利用生物分子和生物对象处理信息。在这项工作中，我们回顾了基于酶反应的单个生化逻辑门以及一个由三个门组成的网络在降低“模拟”噪声积累方面的分析与优化结果。对于单个门，通过在动力学方程框架内分析酶反应来实现优化。我们证明，使用亲和力远小于主要底物的共底物，与输入噪声相比，逻辑门输出的噪声增加可以忽略不计。通过改变选择性输入并拟合为每个门假设的标准化少参数响应函数，对酶门网络进行分析。这允许探测单个门的质量，但主要提供了关于各门对噪声放大的相对贡献的信息。然后，利用推导出的信息修改实验性的单门和网络系统，使其在降低模拟噪声放大的状态下运行。